主要从事动物分子进化、动物分子系统发育等方面的研究。

1. 两栖爬行动物和六足动物的分子系统地理学研究；

2. 两栖爬行动物和六足动物的分子系统发育研究；

3. 两栖爬行动物和六足动物的分子鉴定和分子进化

1. Mitochondrial DNA phylogeography reveals a west–east division of the northern grass lizard (Takydromus septentrionalis) endemic to China, Cai Yao, Yan Jie, Xu Xuefeng, Lin Zhihua and Ji Xiang, Jouranl of Zoological Systematics and Evolutionary Research, 2012, 50(2), 137-144.

2. Embryonic growth and mobilization of energy and material in oviposited eggs of the red-necked keelback snake, Rhabdophis tigrinus lateralis, Cai Yao, Zhou Ting and Ji Xiang, Comparative Biochemistry and Physiology, 2007, Part A 147, 57-63.

3. mtDNA标记在几种海关进出口动物产品鉴定中的应用, 杨光, 蔡垚, 刘海, 动物学杂志, 2004, 39(5), 40-43.

4. 重金属镉和铅对黑斑蛙肝脏过氧化氢酶活性的影响, 蔡垚, 湖北农业科学, 2009, 48(12).