生态学学科是我院2016年批准的省级重点学科。学科以生态学学科体系为抓手，紧密围绕学科发展前沿，从应用生态学切入，树立“大生态”理念，充分利用学科立足于多学科（生物科学、环境工程和化学）并存学院的强大优势，通过对学科研究团队的整合，将生物学与环境科学、化学充分交叉融合，构建了研究手段多样、研究对象切合我国经济发展中生态热点难题的学科研究团队。
特色一：多尺度环境监测手段与多学科环境评价相结合。以建设对江苏沿江和沿海重点地区的生态环境进行综合研究和评价的高水平特色研究平台和研究基地为基础，构建多学科交叉、多尺度互补的环境监测与评价体系，构建江苏沿江和沿海重点地区的多尺度生态环境监测与评价的方法、标准及评价指标，建立资源环境多尺度信息管理系统，并进行评估研究；选择生态环境破坏严重的重点地区，构建一套生态群落分析（生物、化学、环境多参数分析）—植物—微生物的生态修复循环体系，并形成一套良性循环的生态修复体系和多尺度评价标准。
特色二：以我省资源极为丰富的滩涂盐生植物为研究开发对象，开展植物生理生态与相关功能基因改造的研究。通过对滩涂盐生植物逆境生理机理的研究，为盐生植物开发与利用（如海水蔬菜推广种植及生产加工等）奠定理论基础；通过对典型盐生植物相关功能基因的改造，进一步探索盐生植物生理生态与应用的新途径。
特色三：以生态技术应用为研究背景，通过具有自主知识产权的固体双向发酵技术，解决固体废弃（如药渣、秸秆）的循环利用；通过新型固体双向发酵大力开发利用可增强生物免疫力的菌质产物，开发具有更高附加值的新产品（如新型饲料添加剂高端食用菌及药用菌等），实现“变废为宝”。上述三大特色各自依托在三个由不同学科科研背景整合而成的学科研究团队中，真正体现“大生态”学科发展的趋势。
