向前追溯，可以上溯到1952年南京教师进修学校、1958年南京师专、1927年南京晓庄师范学校中的相关专业和教师。成建制的系科沿革如下：

在几十年的建设和发展中，院系整体规模和办学实力不断提高，专业不断扩充，经历了从无到有，从小到大，从少到多的发展历程，培养了各种类型的学生。文革后，南京教育学院先后开办生物、地理、化学专业高师专科系统进修班和教材教法进修班。在职中学教师的大专层次脱产班和普通高校招生考试的大专班。南京师专地理系（科）自84年起，每年招收全日制地理教育专业一个班。南京师专教院成立后，生物系每年正常招收普通高校招生生物教育专业学生。该专业学制自1996年起二年制转为三年制专科；并分别于1997、1998、1999年先后与南京师大联办四年制本科，2000年独立招收生物科学（师范），承办。1998年起招收营养与保健专科班，2005年起招收生物科学（生物技术方向）本科生，2006年起招收生物科学（动植物检疫）本科生。

2006年起开始分别招收生物科学专业专转本学生。2005年起，本院教授分别与南京师范大学、徐州师范大学、南京农业大学、安徽农业大学等高校联合培养硕士研究生。

2009年7月由原生命科学系、化学系和地理科学学院合并组建了生物化工与环境工程学院。2014年11月，撤销原“生物化工与环境科学学院”建制，成立“食品科学学院”。继续招收生物科学（师范）专业本科生，2009年起，招收食品科学与工程专业本科生，2016年起，招收食品质量与安全专业本科生。2019年起，招收小学教育（科学）专业本科生。